在充装分子筛前，要检查筛床不能有漏分子筛的问题，否则要进行处理。罐内不能有油及其他杂物；参加充装的人员不能穿有带钉子的工作鞋，以免踩坏筛床；要穿干净的、不能有油的工作服。在中间部位要做几个标准高度标记，先检查环室，并充装铝胶达到标准高度，然后充装分子筛。因分子筛用量大，一般不同窑次生产出的分子筛有些差别，所以，要将同一批窑的分子筛均匀地对两个分子筛罐进行平均充装。充装完成后先用扒平机构扒平，检查分子筛充装是否达到标准高度(环室内已被分子筛埋在下面)。再次对分子筛进行扒平工作，直到筛床上的分子筛平整，没有凹凸问题。检查无问题后可认为充装工作结束。
对有器外活化条件的用户，按下述步骤进行：
1)首先将准备装填的分子筛彻底活化、待填；
2)拆开准备装填分子筛的纯化器顶部的空气进口管和过滤管；
3)把经活化后的分子筛装入器内，装满为止，并注意记下装填分子筛的数量。为了装填密实，可用木锤在筒体的封头上敲击；
4)分子筛装完后，再装回管路、过滤管和阀门。并应注意：连接法兰的螺钉应均匀、对称地拧紧；阀门需经脱脂后装好填料；氮气加温阀的填料还应采用耐高温的膨胀石墨或石棉线。
对没有器外活化条件的用户，可将分子筛筛去粉末后直接入装纯化器内，装填步骤和注意事项与上述2)、3)、4)相同，所不同的仅在于对新换上的分子筛，在装置内还有待进行再生后才能使用。
